病毒具有很强的侵染性，体积极微小。主要危害双孢蘑菇、香菇、平菇、银耳等食用菌。病毒感染会使培养料中的菌丝退化，产生各种畸形菇，造成严重减产。
一、病毒病的种类
1、双孢蘑菇病毒病
目前已从病菇中分离出多种病毒，它们的形状、大小差异较大，有球状、杆状、棒状等，它们能单独或混合侵染。双孢蘑菇病毒寄生于菌丝体、子实体或担孢子上，被感染的菌丝退化、变褐、柔软，无菌丝束，不能形成子实体，严重时形成无菇区。
2、香菇病毒病
香菇病毒颗粒有球状、杆状和丝状。香菇菌丝被感染后，出现“退菌”现象，形成无菌丝的空白斑块；子实体生长阶段，形成畸形菇，开伞早，菌盖薄。
3、平菇病毒病
平菇病毒球状，被感染的菌丝生长速度减慢；菌柄肿胀近球形，弯曲，表面凹凸不平；菌盖边缘波浪形或具深缺刻，有的菌盖很小或无盖，只在子实体顶端保留菌盖的痕迹，后期产生裂纹，露出白色的菌肉；菌盖与菌柄表面出现明显的水浸状条斑。
二、防治措施
1、选用耐（抗）病毒的优良品种。
2、保持出菇室卫生，安装纱门、纱窗，防止害虫传播病毒；及时清除废料，并彻底消毒；出菇室、床架、器具等用前应进行熏蒸或巴氏消毒。
3、培养料进行后发酵处理或巴氏消毒。
4、发现病毒的菇棚，必须在子实体散发孢子前及时采收，防止病毒通过孢子传播。