番茄细菌性叶斑病主要危害叶片、茎、果实和果柄。以叶缘及未成熟果实最明显。番茄苗期和成株期均可染病。
一、番茄叶部受害症状：开始呈水渍状小点，随后扩大成不规则斑点，深褐色至黑色，直径2-4毫米，无轮纹，四周具有或无黄色晕圈，湿度大时，病斑后期可见发亮的菌脓。
二、番茄果实受害症状：番茄幼嫩果染病，初现稍隆起的小斑点，果实近成熟时，围绕斑点的组织仍保持较长时间绿色，别于其他细菌性斑点病。后病斑周围呈黑色，中间色浅并有轻微凹陷。
三、番茄花蕾受害症状：在萼片上形成许多黑点，连片时，使萼片干枯，不能正常开花。
四、番茄茎部和叶柄受害症状：首先形成米粒状大小的水浸状斑点，病斑逐渐增多，扩大，随着病斑的扩大颜色由透明色到灰色，再到褐色，最后形成黑褐色，形状由斑点扩大为椭圆，最后病斑连片形成不规则形。在潮湿条件下，病斑后期有白色菌脓出现。细菌性斑点病与细菌性疮痂病的症状相似，主要区别是受该病原侵染后果实不腐烂，茎杆、叶片维管束发病，木质部不变褐。在番茄果实近成熟时，围绕斑点的组织仍保持较长时间绿色，别于其他细菌斑点病。