采后处理系统番木瓜果皮非常薄，运输时的摩擦和撞击常能使脆弱的果皮损伤，导致病菌入侵，引起果实腐烂。因而，番木瓜采后必须按照要求进行采后处理，才能在规定的销售期间保证果实品质。果蝇流行地区的番木瓜，在鲜果运输到非流行区之前必须进行防疫技术处理例如熏蒸处理等，以杀灭果蝇.并必须以包装进行运输，以免再次遭受感染，也可以放入运输容器内，用隔板或帐帘遮挡保护。
a.热水浸果处理和蒸汽热处理热水处理法是在商业上用以控制果实腐烂和果蝇的一个措施。这一措施对当地市场销售番木瓜提供了保护，对空运销售提供一定保护，然而，在地面远途运输和延长贮运和销售时间的情况下，热水处理则必须配合杀菌剂和熏蒸处理才能获得成功。热水处理时是将番木瓜置于48℃的热水中浸泡20分钟，再放在流水中冷却20分钟，风干后进行贮藏，以控制果蝇并减少贮藏期间炭疽病引起的腐烂。大批量番木瓜的热水处理可以在一套热处理流水线上进行。在这样的一个流水线上果实迅速移动，通过流水线的一个长形热水箱，在热水中滞留一定时间，这个非常短的滞留时间，一般为20～30秒。为了获得足够的热渗透以保持杀菌剂的效力，水的温度必须很高（即在60.6℃下20秒）。果实在流水线上的热水中滞留时间过短，则得不到有效处理，而时间过长又会导致热伤害。番木瓜的热伤害导致果实不能退绿，或常常可以观察到在果顶处引起腐烂。进行热处理时如果方法不当而引起热伤害，很可能会增加腐烂，此病不能为噻苯唑所控制。热水处理后的打蜡，可以减少贮藏期间果实的皱缩。蒸汽热处理分为两个步骤。首先是番木瓜果实需要进行预处理。预处理方法是把果实放入温度44℃、相对湿度40％的房间内进行。这个房间内要有准确温度和湿度的控制和适当的空气循环，果实在此条件下接受6～8小时升温处理后。房间改用相对湿度100％的高湿和48℃的高温空气处理4小时，处理后立即用循环冷空气吹凉。虽然这一处理方法对果蝇的杀灭仍然是一个合法的处理，但这一方法可能因为花费时间过长和引起果实伤害问题而逐步被废弃。在常温条件下普克唑（1000毫克／升）对炭疽病和蒂腐病有显著的控制效果。番木瓜热水处理的温度和浸果的参考时间如下。热水的最小温度处理的最小时间热水的最小温度处理的最小时间60.6℃20秒52.5℃6分56.7℃80秒49.5℃11分54.4℃：3分46.1℃20分
b.熏蒸处理番木瓜的熏蒸处理可在热水处理之前或之后进行。热水浸果与熏蒸处理相配合对番木瓜果蝇控制效果显著。熏蒸在不低于21℃温度的熏蒸室内进行。果实堆放室内所占空间必须不超过75％，如果熏蒸是与热水浸果相结合的，其所用熏蒸剂量是，二溴化乙烯8克／米3；小室空间，不与热水处理相配合的熏蒸剂量要增加为16克／米3，熏蒸时间均为2小时。热水浸果处理后至熏蒸处理，应有充足的间隔时间使番木瓜果皮表面子燥，并使果实温度降至26.7℃，两个处理之间的最大间隔时间为6小时。如果在热水处理前熏蒸，则两个处理间隔时间至少需要有l小时的通风时期。经过熏蒸处理的番木瓜果实应该遮盖或移入网室。或在有纱门窗的室内进行分级和包装等工作。
e.辐射处理放射线辐射处理法是用放射性钴的y射线；对番木瓜果实进行辐射，以达到控制真菌、果蝇和延长贮藏寿命的目的。辐射处理需要专门的设施、仪器和专业人员。通常的辐射是用于与热水处理配合并用。用27～75干拉德剂量辐射，对苏劳等品种番木瓜果实控制真菌和果蝇有效，推迟后熟速度，果皮颜色发展正常，而不会改变果实胡萝卜素的总含量。辐射处理不会显著改变番木瓜的挥发成分、氨基酸、脂肪酸等的含量，而好处是提高果实品质和延长贮藏寿命。
d.包装包装运输的番木瓜宜选大小一致、成熟度一致、重量为0.5～1千克的果实，采用瓦楞纸箱包装，每一果实均套袋，果蒂朝下，中间填以纸纤维或木纤维作填充物。大批包装时，也可以采用有衬垫的木箱或坚实竹筐包装。