要确定番荔枝合理的施肥量，主要从树体本身的消耗、土壤的供给能力以及肥料的利用率等方面来考虑，才较科学。一般通过叶片营养分析来判断营养的盈亏，再通过施肥来加以调整。但实际生产上往往难以操作，凭经验施肥。对1~2年的番荔枝树每年施硫酸铵467克、过磷酸钙333克、氯化钾83克；对3~4年的番荔枝树每年施硫酸铵1429克、过磷酸钙1111克、氯化钾250克；对5~6年的番荔枝树施硫酸铵2380克、过磷酸钙1944克、氯化钾500克；7~8年的番荔枝树施硫酸铵4050克、过磷酸钙2780克、氯化钾750克；9年以上的番荔枝树施硫酸铵4770克、过磷酸钙3890克、氯化钾1000克。
以上肥料为全年的施用量，建议分数次施用。第一次在每年冬季修剪前后实行这次肥又叫基肥，以有机肥为主，掌握三条原则：即“深挖深放，重施，全施”。施入全部的有机肥及占全年总量80%的磷肥20%的氮钾肥。根据土壤酸碱状况也可混入石灰调酸增钙。番荔枝第二次施肥一般于夏期果开花后的幼果期间（5~6月间）放全年用量氮肥35%，磷肥10%及钾肥的20%。第三次施肥是在冬期果幼果期间（9~10月）进行，施用全年用量氮肥35%，磷肥的10%及钾肥35%。第四次施肥为采前肥，在冬季果采收前（12月至翌年1月）施放全年肥用量的氮10%、钾肥25%。
番荔枝有机肥料施鸡粪、牛粪、豆饼及堆肥，使其缓缓分解，供果树利用。对4年生以上的番荔枝树每年每株施用鸡粪10千克，依树龄增加，可酌情增加施用量。