由于受市场影响，我市棉花连茬现象比较严重，连茬4--6年的现象非常普遍，有的地块甚至达10年左右，而且近年棉花播种后阴天多，气温低，严重影响棉花的正常生长发育，导致棉花苗期病害发生严重，棉苗死亡。往年我市棉苗死亡率在1.20％左右，较重年份达4％以上，较重地块达到12．40％，甚至有无出苗现象发生。危害棉花苗期的病害主要是棉苗立枯病，且常与棉苗炭疽病、红腐病混发。
1、主要症状。棉花播种后至出土前若遭病菌侵害，就会导致烂种、烂芽，不能正常出土。出土后的棉苗在半月内也容易受到病菌的侵害，其症状为棉苗接近土表的根茎部处现黄褐色斑点，后呈长条状褐色凹陷，缢缩成蜂腰状，子叶萎垂，幼苗倒伏枯死。根茎部受害时，韧皮部腐烂呈深褐色纤维状。将病苗自土中拔出时，病部常有菌丝黏带的小土粒。
2、传播途径。土壤中的病菌能附着在病残体或没有完全腐熟的堆肥中越冬。将直接侵染棉籽、幼苗。受害棉苗上产生的病菌菌丝可继续危害邻近的健苗，扩大再侵染。因此，发病时常造成棉田严重的断垄缺苗现象。病菌兼营寄生及腐生，可长期存活于土壤中。
3、发病条件。该病的发生与气候、土壤等条件密切相关，低温、高湿有利于病害的发生，所以在棉花播种后，若遇低温阴雨，或持续低温时间较长，土壤湿度大时，病害发生严重。若地温上升或土壤湿度降低，该病则停止发展。
4、防治方法。1、轮作倒茬：在往年发病较重的地块可与禾谷类作物轮作。如小麦、玉米等，禾谷类作物对其有一定的抵抗力。2、秋耕冬灌、精细整地：对棉田进行秋季深翻，可以将带病残枝败叶翻入土中，减少来年病源；进行冬灌，可降低土壤湿度及避免因播前灌溉而降低地温，为棉苗生长创造有利条件。3、选用良种做好种子处理适期播种：高质量棉种是培育壮苗的基础，播前应精选种子并晒种，做到适期播种，提高播种质量。用包衣籽种或用药剂拌种可获得很好的防治效果。4、对于现发生病害的棉田要加强苗期管理：棉苗出土后，及时间苗、定苗和中耕松土。间苗、定苗时坚持去弱去残留壮苗的原则，减少病菌可侵害棉苗和传播途径。同时中耕松土可提高地温1--3℃。促进棉苗根系发育，使其健壮生长，增强抗病能力。