一、苹果套袋的缺点套袋的苹果果实风味差，同时给苹果套袋用工多，生产成本高。一般套袋的苹果含糖量比不套袋的苹果下降1个百分点左右。如新红星套袋果含糖量比对照下降0.5个百分点，红富士下降1-1.3个百分点。此外，套袋的苹果果实也易发生日灼、苦痘病、缺钙病、水锈等，这可以通过改善套袋方法以及采取补救措施来降低到最低限并。
二、苹果套袋的作用1、促进苹果果面着色：通过套袋，苹果果实长期在遮光条件下生长，抑制了叶绿素的合成，从而使果皮表面的底色变浅，有利于花青苷的充分显现，使果实在极少量绿色底色的基础上，显现出鲜红的色泽。如红色品种红富士、新红星、乔纳金等。
2、防除果锈：给苹果套袋后果面各部分所处的微域环境较为均匀一致，大大减轻了风、雨、农药、有害光线等外界不良环境条件的直接刺激，从而减轻了果实的自我保护功能，果皮发育稳定、和缓，表皮层细胞排列紧密。通过套袋遮光还使表皮层细胞分泌蜡质少，木质素合成减少，木栓形成层的发生及活动受到抑制，皮孔发生少且小。给苹果果实套袋除了防治果锈、果点变小外，还能杜绝污染果面的煤污斑、药斑、枝叶磨斑等，使果面光洁美观。
3、提高果实商品价值：给苹果果实套袋后可防止灰尘、农药等对果面的污染以及果面煤污病等。另外，还可防止鸟雀、大金龟子、大蜂类等危害以及防冰雹伤果等。对于易裂果的苹果品种，套袋可防止裂果的发生，大大提高了栽培的经济效益。给苹果套袋前必须结合疏果，几乎无残次果，因而大大提高了果实的高等级果率。另外，套袋后对成熟期及生长不一致的品种有利于分期采收，不至受病虫危害，能迅速增大果个，提高果品等级和商品价值，增加经济效益。据近几年对套袋红富士苹果市场调查显示，套袋果售价比未套袋果高1～2倍。
4、提高果实的贮藏性：苹果通过套袋后皮孔覆盖值降低，角质层分布均匀一致，果实不易失水皱皮；套袋减少了病虫侵染，贮藏期病害大大减少，提高了果实的贮藏性能。一般苹果可以贮藏120天，套袋果烂果率为0.8%，不套袋果为14.2%；失水率，套袋果为5.5%，不套袋果为5.8%。套袋对果皮结构的影响同样受到多种多样环境条件的制约，例如不同袋型的选择、树体及果实的选择、套袋及除袋时期、不同地域等对套袋后果皮的发育都有着十分重要的影响。已经证实，果袋遮光性越好，套袋时期越早，套袋效果越显著。另外，套袋后袋内湿度状况对果皮结构的发育起着至关重要的作用。
5、减少农药残留量：给苹果果实套袋后，纸袋阻隔了果面与外界的接触，病菌侵入机会大大降低。实践表明，套袋对在果面及叶片上产卵的蛀果害虫如食心虫类、卷叶虫类、螨类、蝽象类都有较好的防治效果，对于各种各样的果实病害如轮纹病、炭疽病、赤星病等烂果病亦有较好的防治效果，全年打药次数可减少2～4次。由于苹果套袋后减少了用药次数，从而降低了农药残留，经测定套袋果实农药残留量仅为0.045毫克/千克，而不套袋果实为0.24毫克/千克。苹果套袋已成为当前开发绿色食品不可缺少的重要措施之一。