番茄的种子表面和内部若带有番茄早疫病、病毒病等疫病的病原体，就会传染给幼苗和成株，从而导致病害的发生。育苗前应对种子进行消毒处理。方法有热水烫和药水浸种。
1、热水烫种，用高温杀灭病菌，杀死附着在种子表面和潜伏在种子内部的病菌。具体做法是，用52-55℃热水烫种15分钟。可将种子装在纱布袋中，烫种时连袋一同放入热水中，并不断搅拌，15分钟后，把种子从热水中捞出来，放入冷水中冷却，迅速消除种子上的余热，以免烫伤种子。
2、药水浸种消毒法，可采用3种溶液消毒。
①福尔马林溶液消毒：先把种子在清水浸泡3-4小时，捞出放到福尔马林的100倍水溶液中，浸泡15-20分钟，取出种子，用清水淘洗数次，直到种子没有药味为止。
②磷酸三钠或氢氧化钠消毒：在10%的磷酸三钠或2%的氢氧化钠水溶液中，浸泡15-20分钟后，捞出用清水冲洗干净后浸种催芽。由于磷酸三钠和氢氧化钠可以钝化病毒，因此可以除去种子上的病毒。
③高锰酸钾水溶液消毒：有0.1%的高锰酸钾水溶液处理20-30分钟，再用清水淘洗几遍，也有钝化病毒作用。