一、棉花苗期受害症状：棉花苗期发病发芽后出苗前受害可造成烂种，不能出土而死亡。幼苗出土后，茎基部出现红褐色至紫褐色条斑，后扩大变褐，略凹陷，严重时失水纵裂，幼苗倒伏死亡。潮湿时病斑上产生橘红色粘质物，即分生孢子。子叶发病，多在叶缘生半圆形褐色病斑，边缘红褐色，后干燥脱落使子叶边缘残缺不全。
二、棉花成株期受害症状：棉花成株期主要为害棉铃，叶及茎部很少发病。叶片发病病斑呈不整圆形，易干枯开裂。茎部被害，病斑呈红褐色至暗黑色，圆或长形，中央凹陷，表皮常破裂露出木质部，病株遇风易折断。棉铃发病，初生紫红色小点，后逐渐扩大为圆形或近圆形褐色病斑，稍凹陷。潮湿时，在病斑中央产生橘红色略带轮纹和粘结的分生孢子团。病斑可相互连接，扩大到全铃。铃内未成熟的纤维部分或全部腐烂，成为暗黄色的僵瓣。