杂交育种的基本程序是：1.选择亲本：从大量野生或栽培菌株中选出杂交甲、乙亲本。在无菌条件下对种耳子实体消毒后，收集孢子。
2.单孢分离：从不同亲本子实体中分离出一定量的甲、乙单个担孢子(单核菌丝）。
3.杂交配对：因黑木耳单核菌丝时间很短，担孢子一旦萌发成单核菌丝，需立即让不同亲本的甲、乙单核菌丝以单×单方式尽快配对结合，形成双核菌丝。否则单核菌丝断裂成粉孢子后再进行杂交，就会发生有性和无性掺杂的现象。其杂交在直径2厘米的大试管内进行。在每支试管斜面培养基上，接入杂交亲本的单核菌丝各一块，二者的距离为2.5厘米，在24℃条件下培养。当两个单核菌丝体接触后，挑取接触后的菌丝用显微镜检验，如系双核菌丝，即可挑取一小块移接到新的斜面培养基上。
4.转管繁殖：将可亲和的双核菌丝在试管内培养到3厘米左右，转接入新的PSA试管斜面培养基上，置于23℃左右环境中培养。
5.镜检初筛：用显微镜检验，菌丝是否有锁状联合，有锁状联合的菌株保留^用，淘汰掉无锁状联合的菌株。
6.二次复筛：把有锁状联合的双核菌丝接种在同一培养基平板上，根据是否形成拮抗线，把相似或相同的菌株分开类别，避免大量重复，挑选出各自不同并与亲本拮抗的菌株。
7.菌株栽培：把挑选出的菌株进行栽培试验，测定菌株的性状，即第一次栽培筛选。经筛选后的菌株称为F，代杂交菌株。根据实验结果，把产量高、色泽好、菌柄长、耳片适中、背部威毛少的优良菌株筛选出来，进行组织分离，获得F2代杂交菌株。
8.F2代菌株筛选：继续对F2代菌株进行栽培试验，选出优良菌株，即第二次栽培筛选。
9.稳定性考察：经第二次栽培筛选出来的杂交菌株，还需经较大面积的中间试验，其中包括对不同区域、不同海拔、不同温度、不同气候、不同培养基质等条件的栽培试验，从而选出适应范围广、产量高、质量好、抗病力强的黑木耳优良杂交菌株。