一、锈病
1、小麦秋苗容易发生条锈病和叶锈病的地区，在不误农时、有利小麦生长发育的前提下，避免过早播种，以减少秋苗发病的机会。
2、氮肥应提倡早施，避免过晚施用和用量过多。以防止小麦贪青晚熟，引锈病为害。在土壤缺磷、钾的地区，适当增施磷钾肥，对减轻锈病也有实效。
3、药剂防治：⑴在小麦播种时用20％粉锈宁乳油或10％羟锈宁可湿性粉剂，按种子量0．15％或0．3％拌种；⑵在小麦抽穗期亩用20％粉锈宁乳油75毫升～100毫升或10％羟锈宁可湿性粉剂100克，对水50公斤喷雾，可使小麦苗期至抽穗前不受条锈病和叶锈病的为害。
二、白粉病
1、适期播种、合理播量。小麦播种过早，秋苗期发病早而重，越冬菌源多，是翌年春季病害流行的基础。小麦早播容易造成冬前旺苗，消耗植株营养。2、推行精量或半精量播种，合理密植。水浇高产麦田，应增施磷、钾肥，控制氮肥用量，以增强光合强度和代谢作用，减轻病害的发生。年后重施起身、拔节肥，以控制无效分。在秋苗发病多的常发重病区，可用20％粉锈宁乳油或15％粉锈宁可湿性粉剂，按种子量0．1％或0．15％拌种，可有效地控制秋苗期病情，减少越冬菌源，并可兼治小麦黑穗病、苗期纹枯病和全蚀病。3、每亩用20％粉锈宁乳油50毫升～75毫升，或15％粉锈宁可湿性粉剂75克～100克，对水50公斤喷雾。25％多菌灵500倍液，50％拖布津800倍～1000倍液，50％硫磺胶悬剂每亩0．5公斤等喷雾，一般需喷2次。
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三、赤霉病
小麦赤霉病为害不仅造成产量损失，人、畜食用病麦粒或面粉后，产生头痛、呕吐等急性中毒症状，长期食用还可发生器质性病变。赤霉病因我国南北麦区耕作制度和气候条件不同，病害侵染循环也不一样。不论是南方麦区或是北方麦区，带菌残体上产生的子囊壳，一般年份到小麦扬花前均可成熟。小麦扬花期遇雨发病就重，反之则轻。同一品种，低洼湿度大的田块较湿度小的田块发病重。因此，扬花期雨水多的年份特别要重视化学防治工作。
1、农业防治：a.选用抗病品种。b.清除初侵染源。南方麦区重点抓稻田灭茬，清除表面稻桩稻草等病残体，北方麦区重点抓玉米根茬、棉铃和田边地头的玉米残体等病残体的清除。对病残体进行堆沤腐熟或烧毁。c.开沟排水，降低田间湿度。
2、化学防治：a.用80%多菌灵微粉剂每亩50克，或40%多菌灵胶悬剂每亩50～75克或50%多菌灵可湿性粉剂每亩100克；b.70%甲基托布津可湿性粉剂每亩50～75克或50%甲基托布津可湿性粉剂每亩75～100克分别对水喷雾，或进行低容量喷雾。如果扬花期间连续下雨，第一次用药后7天再用药一次。