危害食用菌的害虫有眼蕈蚊、菇蝇、螨类等，生产上应注意防治。
1、保持菇场清洁，菇房在栽培前彻底清扫干净，并用30%敌百虫乳油800倍液，或50%敌敌畏乳油800倍液均匀喷一遍。室外种菇，要清除栽培场地周围的杂草，并用30%敌百虫乳油250倍液对土壤和场地周围喷雾。
2、防止成虫入室室内栽培食用菌，将门窗、通风孔等用60目的细纱网钉上，防止菇蝇、菇蚊等成虫入室危害。
3、药物熏杀害虫室内栽培食用菌，在密闭的条件下，每立方米用2~3片磷化铝熏蒸，消灭室内害虫。
4、处理培养料每50公斤培养料用20%三氯杀螨醇乳油15毫升，加水10公斤，均匀喷洒在料上，边喷药边拌料，喷药后堆积3天，即可消灭料中螨虫。
5、喷药杀虫出菇前发现有害虫时，可向床面喷洒30%敌百虫乳油500倍液或50%敌敌畏乳油800倍液。