一、棉花立枯病由立枯丝核菌引起。病菌以菌丝体或菌核在土壤中或病残体上越冬。立枯丝核菌可抵抗高温、冷冻、干旱等不良环境条件，耐酸碱，在pH值2．4-9．2范围内均可生长。
病害症状幼苗出土前造成烂子和烂芽。立枯病的初次侵染主要来自土壤，带菌种子也可传染。幼苗茎基部受害，出现黄褐色水渍状病斑，并逐渐扩展嫩茎，病部缢缩变细，黑褐色、湿腐状，病苗倒伏枯死。子叶受害，多在中部发生不规则形黄褐色病斑，易破裂脱落成穿孔。
病原菌菌丝体在生长初期没有颜色，后期黄褐色多隔膜。这是最易识别的特征。棉花播种后，遇多雨高湿，温度下降，使棉苗生长不利，容易遭受病菌侵袭，发病就严重。
防治方法：（1）合理轮作，与禾本科作物轮作3-5年，切断土壤中的菌源。（2）出苗后，若遇到低温多雨天气，可选用50％甲基托布津悬浮剂600倍液、70％恶霉灵可湿性粉剂3000倍液喷雾。
二、棉花炭疽病炭疽病菌以分生孢子在棉籽短绒上越冬，少数以菌丝体潜伏于棉籽种皮内或子叶夹缝中越冬，种子带菌是重要的初侵染源。
病害症状在棉籽萌动时病菌开始侵害。常使棉籽在土中呈水渍状腐烂，不能出土而死亡。幼苗出土后，在茎基部产生紫红色至紫褐色条纹，以后扩大成梭形病斑，稍凹陷，严重时失水纵裂，幼苗萎蔫死亡。潮湿时，病斑上产生桔红色粘性物质。
子叶受害，在叶缘产生半圆形褐色病斑，边缘深红褐色，严重时，落叶枯死。茎部受害出现红褐色至暗黑色圆形或长圆形病斑，随病情发展病斑凹陷，常表皮破裂露出木质部，病株易被风吹断。
防治方法：（1）选用抗病的种子，在种植前进行消毒处理。（2）在苗期阴雨连绵天气之前和之后要及时喷施30%苯醚甲环唑悬浮剂3000倍，防止雨水、大风造成的伤口污染、腐烂，保护伤口的健康。
三、棉花猝倒病属土传病害，病菌在土壤中越冬，棉种萌发后直接或间接侵染棉苗，低洼地、多雨季节、土壤湿度大时发病严重。
病害症状：棉苗出土后，病菌先从幼嫩的细根侵入，在幼茎基部呈现黄色水渍状病斑，严重时病部变软腐烂，颜色加深呈黄褐色，幼苗迅速萎蔫倒伏，子叶也随着褪色，呈水浸状软化。高湿条件下，病部常产生白色絮状物，即病菌的菌丝。与立枯病不同的是，猝倒病棉苗茎基部没有褐色凹陷病斑。
防治技术：（1）加强苗期中耕松土，降低土壤湿度。（2)可选用72.2%霜霉威800倍、40％乙磷铝600倍液或25％甲霜灵600-800倍液定向喷施棉苗茎基部。