一、农业防治。春季直播时不可过早，可采用浸种催芽和提早覆盖地膜等措施以提高地温，尽量缩短种子在土壤里的发芽时间，减轻种蝇的为害。西瓜育苗制作营养钵时，培养土和拌入的有机肥料要用薄膜盖好，防止幼虫潜入土中或成虫在其上产卵。不要施未腐熟的粪肥，施肥要均匀、早施、深施，不要暴露地面，以减少种蝇产卵。
二、糖酒液诱杀。按糖、醋、酒、水和90%敌百虫晶体3：3：1：10：0.6比例配成药液，放置在苗床附近诱杀种蝇成虫，并可根据诱杀量及雌、雄虫的比例预测成虫发生期。做列适时药剂防治。
三、药剂防治。在发生初期可用90%敌百虫800-1000倍液，或80%敌敌畏1000-1500倍液灌根，也可用90%敌百虫800-1000倍液或80%敌敌畏1500倍液喷洒植株和根部周围，以杀死成虫和卵，以后每隔7-10天喷一次，连续用药2-3次，防治效果很好。