种肥是指播种或移栽时施用的肥料。目的是供给作物生长初期所需要的养分。一般为各种速效肥料，如化学肥料、腐熟有机肥料、细菌肥料和草木灰等。由于肥料与种子直接接触，或距离很近，化学肥料用量要少，以防烧坏种子或幼苗。在多数情况下，用速效磷肥作种肥可使大豆明显增产。土壤瘠薄时，可加入适量的速效氮肥作种肥。
大豆种肥可条施或穴施。施种肥时，要特别注意肥、种隔离，避免种子与肥料接触，以免烧种烧苗。种肥深施有明显的增产效果。
拌种是施用种肥的一种方式，对保苗、促苗和补充微量元素具有很好的效果。
1、钼酸铵拌种：每亩用钼酸铵2克，种子5千克，先将钼酸铵磨细，放入容器中，加入少量温水，搅拌至钼酸铵全部溶解，然后加水0.13千克，用喷雾器将溶液均匀喷在大豆种子上，阴干后播种。
2、硼砂拌种：在缺硼的地块上，用硼砂拌种具有很好的增产效果。每亩用硼砂8～10克，于大豆播种前，用0.5%硼砂溶液拌种，液种比为1比6，种子阴干后播种。
3、硫酸锰拌种：在石灰性土壤上往往缺锰，可用0.1%~0.2%的硫酸锰溶液均匀拌种，阴干后播种。
4、硫酸锌拌种：用0.1%~0.2%的硫酸锌溶液均匀拌种，阴干后播种。