掌握彩色甜椒的采后生理变化规律，是做好保鲜工作，养活腐烂变质，保持其商品性的根本。
（1）呼吸作用呼吸作用是果实离开植株后最基本的生理活动。采收后彩椒仍是有生命的有机体，继续进行着新陈代谢。通过气孔、皮孔、萼片等部位吸收氧气，排出二氧化碳。呼吸机制是以碳水化合物与糖类为主，并与有机酸相关。这类有机物经过呼吸被分解和消耗掉，当呼吸旺盛时，有机物被消耗多，营养价值迅速下降，品质变劣。果实只有通过缓慢的呼吸代谢活动，才能使其保持新鲜状态。由于产品所处的环境与呼吸强弱密切相关，所以，在包装运输及贮藏过程中，要给彩椒果实创造一个降低呼吸强度的环境。
果实在贮藏过程中，呼吸作用的强弱是在发生变化的。刚采收的果实呼吸较强，随着贮藏期的延长，逐渐减弱，到一定程度时就稳定下来。
温度是外界环境中影响呼吸作用最大的因素，温度越高，呼吸作用越强；温度越低，呼吸作用越弱。温度每上升10℃呼吸强度增加2～5倍。抑制呼吸作用的途径是采取低温处理。如果不抑制呼吸作用，呼吸作用会产生呼吸热，呼吸热的积蓄势必导致温度的上升，温度上升又会引起呼吸作用增强。所以，采摘需要贮藏或异地运输的彩椒时，应该在一天当中温度最低的时候进行。
另外，因为呼吸作用需要消耗氧气，所以，适当降低氧气含量也是贮藏保鲜的重要手段之一。一般当氧气含量降低到2%左右时，有氧呼吸被迫停止。因此，只要氧气含量高于2%，一般为3%～6%即可使呼吸作用缓慢进行。但是要注意，二氧化碳不能过高，二化氧碳浓度宜控制在6%以下，否则会对彩椒果实造成生理伤害。可以用消石灰吸收多余的二氧化碳防止其浓度过高。
（2）蒸腾作用彩椒果实离开植株后进行的另一个基本的生理活动是蒸腾作用。彩椒果实含水量为93%左右，采收后果实蒸腾作用仍然继续，水分蒸散造成贮藏过程中果实鲜重的直接损失，导致果实萎蔫失鲜，营养成分损失、风味变劣。同时引起彩椒果实细胞原生质早衰，胶体的亲水性和膨胀力降低，使细胞中酶的活性趋向水解，从而降低了耐贮藏性。
彩椒果实的蒸腾作用与采摘时果实的成熟度、外界环境的温、湿度有关。果实的成熟度越高，采收后蒸发水分越少，而未充分成熟的果实，采收后蒸发量则比较大；空气湿度越大、温度越低，蒸发量越少；空气湿度降低、外界温度升高蒸发作用加强。所以要创造一个温度较低、湿度较高的环境进行彩椒的包装贮藏。
（3）后熟彩椒的果实从植株上摘下后，仍进行着后熟的生理作用。采摘后的果实经过预冷，开始贮藏时，便进入后熟时期。后熟的实质是组织趋向生理成熟和衰老。在后熟过程中由于各种化学成分发生了变化，彩椒果实在外观和品质上也发生了相应的变化。叶绿素分解成胡萝卜素和茄红素等色素，使彩椒的色泽逐渐变为颜色均匀一致的黄色、橙色、红色和巧克力色。