目前，有机肥料无害化处理方法有物理方法，化学方法和生物方法三种：物理法如暴晒、高温处理等养分损失大，工本高；化学方法如用化学物质除害，在有机食品生产中不能采用；生物方法如接菌后的堆腐和沤制，在有机食品生产过程中是唯一可采用的方法。有机肥无害化处理的堆、沤方法也很多，现介绍一种“EM堆腐法”。
有机肥EM无害化堆制方法：
各种有机肥+米糠、稻壳+麦秸（粉碎品）——%26gt;
充分拌和均匀——%26gt;
调整含水率约30-40%——%26gt;
将材料平铺高度20-30cm——%26gt;
均匀喷洒EM多功能发酵菌——%26gt;
上面盖透明的聚乙烯薄膜——%26gt;
温度达到45-60。C时翻动3-4次——%26gt;
产生白色絮状毛，无臭气，即为发酵完成。（夏天3-5天可完成，春季10-15天可完成，冬天适当加50。C的温水以加快完成）。发酵完成后仍要堆放数周后再施用，这样可把病原菌、虫卵、草籽和臭气除去，同时可使肥料腐熟，提高肥效