棉花育苗期立枯病，是一种严重危害棉苗的真菌性病害，如果稍有疏忽可造成苗床大面积死苗，尤其是在天气转晴后，症状可在短期内显现出来，茎基部缢缩造成地上部萎蔫死苗现象。
防治措施防治棉苗立枯病，一是最好使用包衣种子。对于未包衣种子，可用10%灵福种衣剂2公斤或50%多菌灵可湿性粉剂、20%甲基立枯磷乳油、40%五氯硝基苯粉剂1公斤，加适量水均匀喷拌在100公斤棉籽上制成包衣棉种。二是土壤消毒。防治棉苗立枯病效果好，营养钵育苗时每平方米苗床用50%多菌灵可湿性粉剂8~10克与4~5公斤细土拌匀，苗床浇足底水后撒三分之一毒土，播后覆盖余下的毒土，能明显降低发病率，促棉苗健壮生长。三是药剂防治。在阴雨天苗床立枯病开始发病时，应及时选用40%多菌灵胶悬剂、65%代森锌可湿性粉剂、50%退菌特可湿性粉剂、30%稻脚青可湿性粉剂等的500~800倍液、15%三唑酮可湿性粉剂800~1000倍液喷洒防治，每隔7天喷1次，连喷3次。或者用80%退菌特可湿性粉剂1000倍液灌根，用卫福喷雾和灌根也有一定的防治作用。
采取农业措施防治合理轮作；施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥及5406菌肥；适当早播，当5厘米土温稳定在14摄氏度时播种，播深4~5厘米；适当早间苗早中耕，雨后及时排水，降低土壤湿度，提高地温等，对减轻或控制危害效果较好。