棉花单产低的原因很多，从总体上看，除了受环境、地理、气候等外部因素的影响，还有以下几方面的因素也不容忽视。
一、低产原因
1.品种布局多、乱、杂
多个棉品种的共存（尤其是同一轮作区品种的多样化及个别地块的一地多种现象），导致棉花生长不整齐，品级下降，产量降低，优良品种的特性得不到体现。
2.病虫害的影响
枯、黄萎病的蔓延、扩散，尤其是一些外引的品种，没有得到当地病害检验，遇恶劣天气，极易发病，或棉花生长中后期黄萎病的普发，导致减产可达10%以上；其次棉铃虫、棉蓟马、棉盲蝽由原来的次要害虫上升为当前的主要害虫，棉铃虫、棉蚜、棉叶螨、棉蓟马和棉盲蝽等五种虫害的共同影响，成为棉花产量下降的主要原因。
3.管理措施不到位
由于品种的多、乱、杂，再加上职工素质、管理措施不到位，品种更新后与之相适应的配套栽培技术落实不到位，影响着棉花产量的提高。
4.土壤粘重板结
有机肥得不到大面积的施用，只靠化肥供给棉花生长所需的养分，造成土壤耕层板结，理化性质得不到改善，从而影响棉花正常的生长发育，最终造成产量下降。
5.土壤污染
作物耕层内存留了大量的残膜，破坏了土壤结构，影响了土壤的通透性和农作物的正常出苗，影响了科学密植、扎根和生长发育。残膜污染已成为影响棉花产量且难以根治的人为障碍因素。
6.棉花早衰
7月下旬至8月初，部分棉田红叶茎枯病的普发造成棉花早衰，减产5%左右。原因在于叶片过早老化，丧失光合功能，造成顶部部分花蕾的干枯脱落，影响了盖顶桃的形成。
二、改良对策
1.实行土地长期固定不变政策，加大生产资料自理的投放力度，通过鼓励和提高职工的种地、养地积极性，增加对棉田中有机肥的投入，进而达到改良土壤和培肥地力的目的。
2.使用和推广优质、早熟、丰产、抗虫、抗病品种，实行1个地区种植推广2～3个品种，1个轮作区只种植1个品种，便于强化管理和实施全程调控技术，从而达到塑造理想株型和合理的田间群体结构，进而提高光能利用率和棉花单产。
3.合理安排作物布局，适当扩大小麦种植面积，培养天敌生物群落，建立棉花生物保护系统，做到以益控害，防止并减轻害虫危害。
4.开展测土配方施肥，改变传统农业大面积地平均投入的资源浪费做法，对作物栽培管理实施定位，按需求进行变量投入，提高各项管理措施的时效性、到位率，做到科学水肥管理，防早衰，从而达到节能降耗、丰产、优质、高效的目的。
5.壮大和充实基层植保队伍，培养和使用专业精、素质高的职工队伍，便于切实开展和抓好基层植保工作。
6.建立健全测报机构，完善虫情测报制度，为防治工作提供准确信息，便于领导决策指挥生产。
7.通过宣传、教育，使广大干部职工充分认识到建立“环境友好型社会”的重要性，通过制定硬性指标和采取各项有效措施逐步消除地膜对土地的污染，走可持续性的农业发展道路。