1.苦痘病：苦痘病是由果实缺钙引起的生理病害。在缺钙严重的果园，应于早春及时补充钙肥，谢花后套袋前连续喷布2-3次优质钙肥，果实膨大期喷1-2次优质钙肥，降低苦痘病的发生。
2.锈果病：锈果病为病毒性病害。嫁接于带病毒砧木或接穗带毒的红富士，套袋果发病率在5%以上，严重株果实发病率在96%。所以应栽培无毒苗木，锈果病严重红富士尽量不套袋。
3.黑点病、红点病：主要由粉红单端孢和细交链孢霉等病菌引起，与套袋前药剂的选择、纸袋质量、果园通透性和气候条件有关，套袋前药剂选择不恰当，纸袋通风放水孔不规范或果园郁闭，或雨水过多的年份均易发生。因此防治这两种病害，①应合理选择药剂，防治这两种病害的有效药剂为多抗霉素、宝丽安等。②选择规范优质果袋。③对果园进行合理夏季修剪，通风透光。
4.日烧病：套袋苹果日烧病发生与纸袋、气候、品种、树势、立地条件等有关，应加强肥水管理，增加套袋果实的抗病性。干旱年份，应注意适当推迟套袋时间，避开初夏高温；套袋前后浇足水，地质差的果园应确保土壤水分，以降低地温，改善果实供水状况；有条件果园中午12～14时进行喷雾降温，同时选用优质纸袋。
5.康氏粉蚧：①冬、春季刮树皮，集中烧毁，或在晚秋雌成虫产卵之前结合防治其他潜伏在枝干越冬的害虫，进行束草等物诱杀，翌春孵化前将草束等物取下烧毁。②在各代若虫孵化期如5月下-6月上、7月中下、8月下旬，喷布48%乐斯本1000～1500倍液或其他杀虫剂进行防治。③康氏粉蚧天敌种类较多，如草蛉、多种瓢虫等，这些天敌有抑制康氏粉蚧危害的作用，故应在防治尽可能选用对天敌杀伤作用较小的选择性药剂合理保护天敌昆虫。
6.叶部病害：套袋苹果应注意叶部病害的发生，前期主要为斑点落叶病，后期主要为褐斑病，防治这两种病害主要是前期使用多抗霉素，大生M-45等药剂，后期交替使用2-3次波尔多液进行叶面保护。