1、主原料质量差
熬制石硫合剂的原料是硫磺和生石灰，尤其是主原料硫磺要求纯度要高，粒度要细。但市场上出售的硫磺粉大多纯度差，有的据说还掺加滑石粉，熬制的稀释液喷到树体上呈黄白色，起不到杀菌杀螨的效果。块状和粒状硫磺按说质量有保障，但却难以研磨成细粒度高的粉末状，效果就可想而知了。
2、熬制质量难保障
熬制石硫合剂锅要大、粉要纯、方要对、火要旺，熬制工艺相当严格。如今多数果农用烤火炉在小锅上盲目熬制，很难熬成浓度高的酱油色母液，这就使效果大打折扣。
3、稀释浓度不准
清园要求在萌芽前用3～5波美度，多数果农没有波美度和稀释倍数对查表，母液究竟该加多少水，多数人凭感觉稀释。浓度高了烧芽烧花，浓度低了防效一般。
4、影响常规农药的使用效果
石硫合剂属强碱性，一般农药是微酸性。所以在使用石硫合剂后，必须间隔20～25天以上才能使用其它农药。在间隔期内使用农药，酸碱中和，药效会大大降低；在间隔期后使用农药，又会错过中心花露红这次最佳防治期。
5、对新发病虫害防效差
河北农业大学植物保护学院曹克强教授对几个厂家以及自己配制的石硫合剂做过试验，无论对腐烂病菌，还是对轮纹病菌防效都不好。王勤英老师用石硫合剂做了防控全爪螨卵的试验，效果也一般。因此，我们不建议用石硫合剂清园，在走访果农的时候，有人反映用石硫合剂用多了会对树皮造成伤害，关于这一说法我们还没有得到直接证据。