1、配制育苗基质
1.1穴盘育苗基质配制
塘泥经粉碎筛选至小于0.5cm的颗粒，再与经堆沤2～3个月的菇渣按体积比4∶6混合均匀，并配入三元复合肥10kg，加水至含水量65%～75%，堆起密封15天待用。育苗穴盘规格：聚苯乙烯穴盘(规格：72cm×20cm×7cm，4.5cm×4.5cm的方锥孔)。
1.2营养杯泥配制
用透冰、透气性良好，略带沙的黄土或墙泥，每1立方米加乐田精致有机肥40kg、三元复合肥8～10kg、石灰15kg、70%甲基托布津80～100g和除草剂拉索100g，混合均匀堆沤15天待用。营养杯规格：高10～12cm，直径7～9cm(底部及侧面留排水孔)。
2、基质装盘和装杯
将穴盘基质装入穴盘空穴中，待用。
将营养杯泥装入营养育苗杯或近似的塑料袋中，装泥约3/5杯，待用。
3、催芽播种
将待播木瓜种子用温水(18～25℃)浸种1h，捞起，再用50%多菌灵500倍液浸泡10～15min，捞起用清水冲洗2～3次，再浸种12h，捞起、晾干，用经消毒的湿毛巾包好，置于30～32℃的恒温箱内催芽。经72h左右，种子开始陆续露白，即可将露白的种子播入穴盘中，每穴播种3～4粒，连续播种4天;剩余没有出芽的全部播下，每穴播种5～6粒。每次播完种覆厚1～2cm薄土，盖网纱，淋透水。
播种后，保持泥土湿润，忌干燥。待出苗后，淋1次50%多菌灵800倍液，不施肥，保持泥土湿润，此时每穴有苗1～4株。
4、定苗及苗期管理
待木瓜幼苗的第1片真叶完全展开至第2片真叶完全展开前定苗，苗高3～5cm，用竹签把木瓜苗轻轻地从育苗盘中撬起(连同全部泥)，每穴中有多株苗的，用手轻轻捏松泥土，分成单株，再移苗至预先准备好的育苗杯中，并加泥2～3cm，略压实泥土，定苗后淋1次透水。
定苗后2～3天，幼苗就能完，全恢复生长，回苗后即可追施1次薄肥。当幼苗长出2～3片真叶后，应逐渐减少淋水量，保持泥土湿润且略偏干燥些，防止过湿引起烂根。
5、病虫害防治
苗期要注意防治疫病、猝倒病、炭疽病和白粉病，可用70%甲基托布津800倍液定期喷施防治。虫害主要有红蜘蛛，可喷施5%高效鱼藤氰3500～4000倍液防治。感染花叶病的病株要立即拔除。
6、出圃
当苗长成株高约20cm，4～5片完全开展的真叶，茎基部直径0.3～0.5cm时，就可以出苗。出圃运输时不要压叠，并避免折断苗株和弄散泥头，以利于定植后成活率高、生长快、早结果、夺高产。