大豆病毒病的症状比较多样，因病毒种类（特别是复合侵染的病毒种类）、大豆品种、侵染时期及环境条件而变。常见的是花叶、皱缩、沿叶脉疱状斑、叶边下卷、顶枯、植株矮小、局部或系统坏死。病种子常表现为从脐部放射状色斑或云纹斑。大豆病毒病称系统性病害，也就是说病毒可以随大豆的输导组织传遍全身。一旦感染大豆花叶病毒，新叶都会出现花叶，这和2,4-滴类除草剂引起的局部药害不一样。
播种无毒或低毒种子是控制大豆花叶病的关键措施。为此，1、要建立无毒种子繁殖体系。种子田要设在距离大豆、蚕豆、花生、紫云英田100米以外的地方；2、注意选用无毒种子；3、早期治蚜和拔除病苗；4、花期认真检查发病情况，选择无病田或发病率不超过0.2%的地块留种或直接从无病区调种；4、加强检疫措施，种植抗病品种，调整播种期，清除田边杂草和喷药消灭早期出现的蚜虫。