基质种类很多，常用的无机基质有蛭石、珍珠岩、岩棉、沙、聚氨酯等;有机基质有泥炭、稻壳炭、树皮等。其优点是设备较简单、生产成本较低等。但需基质多，连作的陈基质易带病菌，传病。为防止基质携带病菌，需要进行消毒。常用的消毒方法有太阳能消毒、化学药物处理。
岩棉栽培
一、太阳能消毒
1.消毒时间
每茬作物生长周期结束后，北方以7-8月为宜。
2.消毒场所
塑料大棚或温室内。
3.消毒方法
将有机基质堆成高、宽各1m左右，长度视用量而定，码堆时应先喷湿基质，使含水量达到75%~85%。堆好基质后，用薄膜封严，在阳光下充分曝晒15~25d，通过温室效应和发酵高温进行消毒。
对于秸秆、葵花秆、锯末、树皮、树叶以及中药渣等，含纤维多，碳氮比高，腐熟较难，应调节碳氮比，促进发酵分解。
基质消毒
二、化学消毒
用优质多菌灵，每立方米基质加入200g，与基质混合均匀即可使用。或者用40%的甲醛（福尔马林）100倍液滴入基质，然后将基质暴晒三四天即可。
1.两茬后基质的消毒
基质通过栽培一茬或二茬作物后，一般需要进行消毒方可继续使用，以往人们采用蒸气消毒、甲醛消毒、溴甲烷熏蒸消毒等。采用甲醛加高锰酸钾熏蒸的消毒效果非常好，操作方便，很快就可投入生产使用，而且成本低，每1000L基质的消毒成本仅2～3元/次。
2.操作方法
把基质铺在平整的水泥地面上，厚度30～40cm，宽度不要超过4m，长度不限。在基质上纵横交错划沟，沟深15～20cm，用厚度0.12mm以上的薄膜覆盖，按每1000L基质（含覆盖空间）用甲醛80～100ml，高锰酸钾40～50g。
先把40～50g/份的高锰酸钾加入到400～500ml的广口玻璃瓶内，每隔100～120cm布放一瓶，固定在基质沟内，再将甲醛按80～100ml/份量好，也分别装瓶摆在相应位置的高锰酸钾瓶子旁。
要根据消毒基质的量来决定参与操作的人数，至少需四人以上配合，两边同时同方向顺势操作，把甲醛倒入高锰酸钾的瓶子内，迅速覆盖薄膜并由另外一人取细软沙土压盖薄膜周边以防漏气。
利用高锰酸钾的强氧化作用使甲醛迅速“汽化”挥发，短时间内产生高浓度甲醛和蚁酸气体，快速渗透到基质中起消毒作用。有条件时最好把基质装入塑料筐或泡沫箱内，交错叠码至高度1.5～2m，宽度2.5～3m，长度不限，箱或筐之间保留3～4cm的间隙，以利于气体扩散流通，准备好覆盖的薄膜按以上方法进行操作即可。消毒需要密闭24h，然后打开薄膜通风24h以上即可继续使用。
此外，也可以把基质铺成20cm厚，湿度调至65～75%，在夏季强光高温天气，覆盖薄膜增温至65～70℃保持一周，或在冬季最冷时露天冻结两个月以上也有一定的自然消毒作用。
3.两茬后基质的更新
基质使用二至三茬后，有机基质已完全腐烂，作物残根也比较多，病菌和盐分已有积累，此时如需继续使用，就要进行过筛，滤去残根枯叶，再进行大水浸泡漂洗盐分，晾晒至含水量60%左右时进行药物熏蒸消毒。
基质晾晒
另外，消毒后还应添加新的透气性好的基质，混合均匀后才能继续使用。一般基质使用三茬以上理化性状已明显恶化，可以堆放在指定场所任凭日晒雨淋，三至五年后添加新的基质材料，可以继续使用或直接施入果园作改良土壤之用。