棉苗炭疽病主要危害幼根,引起苗猝倒和幼苗基部溃疡,常与立枯病和红腐病混合发生,造成缺苗断垄,甚至毁种。危害特点:①棉籽在土壤中受侵害,呈水渍状腐烂,不能出土而死亡。②幼苗发病茎基部或稍偏上部产生红褐色条纹,逐渐扩展成条形病斑,稍凹陷,严重时失水纵裂,幼苗萎蔫死亡。③子叶受害边缘产生红褐色半圆形病斑。干燥时,病斑受抑制,边缘紫红色;潮湿时,病斑扩展至全叶,造成子叶枯死早落。真叶与子叶相似,一般发生于叶片中部。④叶柄和茎秆上也能产生红褐色长条形病斑,略凹陷,病部容易折断。⑤苗期连续低温多雨,可导致病害发生较重。⑥棉苗出土15天左右为死苗高峰期,长出真叶后,病苗死苗明显减少。