棉苗炭疽病主要危害幼根，引起苗猝倒和幼苗基部溃疡，常与立枯病和红腐病混合发生，造成缺苗断垄，甚至毁种。危害特点：①棉籽在土壤中受侵害，呈水渍状腐烂，不能出土而死亡。②幼苗发病茎基部或稍偏上部产生红褐色条纹，逐渐扩展成条形病斑，稍凹陷，严重时失水纵裂，幼苗萎蔫死亡。③子叶受害边缘产生红褐色半圆形病斑。干燥时，病斑受抑制，边缘紫红色；潮湿时，病斑扩展至全叶，造成子叶枯死早落。真叶与子叶相似，一般发生于叶片中部。④叶柄和茎秆上也能产生红褐色长条形病斑，略凹陷，病部容易折断。⑤苗期连续低温多雨，可导致病害发生较重。⑥棉苗出土15天左右为死苗高峰期，长出真叶后，病苗死苗明显减少。
