此病是由水分供应失调、缺钙、缺硼等原因导致的生理性病害。一般在第一果穗座果之后，植株处于生育旺盛阶段。遇干旱，特别是大棚栽培的，为预防灰霉病或菌核病的发生，采取降湿栽培措施，当叶片蒸腾需消耗大量水分，导致果实，特别是脐部的水分被叶片夺走时，造成果实内部水分失调，果实的生长发育受阻，形成脐腐。也因偏施氮肥，造成植株氮营养过剩，植株生长过旺，使番茄不能从土壤中吸收足够的钙和硼，致使脐部细胞生理紊乱，失去控制水分的能力而引起脐腐病的。有时沿江的砂壤土，因土壤含盐量较高，也易引发缺钙的生理障害，一般在土壤中硼的含量低于0.5ml/L，或果实中钙的含量若低于0.2%，均易引发脐腐病的发生。
