成熟的冬孢子在适宜条件下萌发产生担孢子，担孢子又可芽生次生担孢子。担孢子萌发后侵入寄主。
玉米丝黑穗病菌以冬孢子散落在土壤中、混入粪肥里或沾附在种子表面越冬。冬孢子在土壤中能存活2～3年，甚至7～8年。种子带菌是病害远距离传播的重要途径，尤其对于新区，带菌种子是重要的第一次传播来源。带菌的粪肥也是重要的侵染来源，冬孢子通过牲畜消化道后不能完全死亡。总之，土壤带菌是最重要的初侵染来源，其次是粪肥，再次是种子。成为翌年田间的初次侵染来源。
玉米丝黑穗病菌冬孢子萌发后在土壤中直接侵入玉米幼芽的分生组织，病菌侵染最适时期是从种子破口露出白尖到幼芽生长至1～1.5厘米时，幼芽出土前是病菌侵染的关键阶段。由此，幼芽出土期间的土壤温湿度、播种深度、出苗快慢、土壤中病菌含量等，与玉米丝黑穗病的发生程度关系密切。此病发生适温为20℃～25℃，适宜含水量为18%～20%，土壤冷凉、干燥有利于病菌侵染。促进幼芽快速出苗、减少病菌侵染机率，可降低发病率。播种时覆土过厚、保墒不好的地块，发病率显著高于覆土浅和保墒好的地块。玉米不同品种以及杂交种和自交系间的抗病性差异明显。