1.农业防治
(1)选用抗病品种。中国农业科学院油料作物研究所育成的双低油菜品种中双2号、中双4号、中双5号、中双6号、中双7号、中双9号等品种对油菜菌核病具有较强的抗性，可在两熟或三熟制地区大力推广种植。
(2)加强田间管理。在施肥上应重视基肥，增施磷、钾肥，早施苔肥，避免苔花期过量施用氮肥，增强植株的抗病力。做好中耕培土，及时摘除病、黄、老叶，随即带出田外作饲料或集中沤肥，从而减轻病菌蔓延危害。2.化学药剂防治在油菜开花期，叶病株率达10%以上，茎病株率在1%以下时开始喷药防治。药剂有：
(1)40%菌核净可湿性粉剂1000倍液喷雾或3%菌核净粉喷粉。
(2)20%施宝灵悬浮液2500～3000倍液喷雾。
(3)70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液喷雾。
(4)50%扑海因可湿性粉剂600倍液喷雾。
(5)50%速克灵可湿性粉剂1000倍液喷雾。
(6)50%天威3号可湿性粉剂1000倍液喷雾。