玉米丝黑穗病是典型的土传病害，丝黑穗病原菌可存活多年，一般通过土壤、粪肥和种子进行侵染和传播，1年侵染1次，只要播种后条件适宜，病菌即通过玉米的幼芽入侵，3叶期前，尤其是幼芽期的侵染率最高。丝黑穗病多发生在地温冷凉地区，近年来，丝黑穗病的普遍发生对玉米生产造成了严重的影响。玉米丝黑穗病的发生主要是由于玉米多年连作、品种选育不当、气候因素、药剂使用不当、栽培管理不到位等原因造成的。所以对丝黑穗病的防治主要采取以种植抗病品种为中心、农业防治与化学防治相结合的防治措施。
1、推广抗丝黑穗病的玉米品种
不同的玉米品种对丝黑穗病的抗性也存在显著的差异，种植抗病品种是长期控制丝黑穗病的最经济有效的方法，即使在病害严重发生年份，具有稳定抗性的品种的发病率一般也低于10%。因此，要严格控制感病品种在生产上的应用，对于丝黑穗病抗性较差但其他特性突出的品种必须严格限定推广区域，明确划定非推广地区。
2、应用药剂防治
目前，可采对玉米丝黑穗病具有防治效果的种衣剂或杀菌剂进行拌种防治。市场上防治玉米丝黑穗病的种衣剂主要含有戊唑醇、烯唑醇、三唑醇等成分，但是以含戊唑醇的种衣剂的防治效果最好、安全性最高，可以将其作为防治丝黑穗病的杀菌剂拌种防治。
3、及时清理田间病株
根据玉米丝黑穗病苗期的典型症状，结合田间除草，定期、定时地铲除病菌。特别是玉米抽雄后出现典型症状时，为防止病菌扩散，应尽可能减少土壤中的病菌残留。
4、进行轮作倒茬
有条件的地区可将玉米与大豆、薯类等作物进行轮作，以减少土壤中病菌数量，从而降低发病概率。重病田要实行多年轮作。
5、建立无菌种子田
种子带菌是丝黑穗病远距离传播、为害范围不断扩大的重要因素，建立无病繁殖种基地可切断种子的传播途径。
6、施用腐熟有机肥
农家常用病株喂食牲畜，而病原菌通过家畜的消化道后仍不能被完全杀死，因而，要施用腐熟的有机肥，从而减少病菌通过粪肥传播的概率。