农家肥要腐熟。没有经过腐熟的农家肥存有病菌和虫卵，容易使病害得到传播。另外，如果将农家肥放到大棚里再腐熟，会产生氨气烧伤菜苗。
施肥方法要合理。底肥最好在蔬菜定植一周前施用，，并且要与土壤混合均匀。追肥可以在距离植株7～10厘米的地方沟施或者穴施，追肥后要及时盖土、浇水，千万不要将化肥直接撒在地面或植株上，以免化肥挥发或烧伤蔬菜秧苗。根外追肥应该在蔬菜需肥高峰期及蔬菜生长后期施用。
化肥施用要适量。大棚内的化肥不容易流失，过度施用化肥，能引起土壤中盐类浓度增加，导致土壤盐渍化。所以，要控制氮肥用量，增施磷钾肥。
微肥用量要适宜。微量元素化肥在蔬菜上需求量虽然很小，但作用却很大。目前常用的微肥有硼、钼、锌、铁肥等。微肥多做基肥施用，也可以用于拌种、浸种或根外追肥。微肥适量与过量之间的范围比较窄，所以用量一定要准确，避免造成肥害。
氮肥要深施。一般氮肥施用深度应在10～14厘米以下，并要求施后立即覆土，这样可以减少与空气的接触机会，避免因氮肥挥发而产生氨气，危害棚菜，降低肥效。同时，氮肥深施，还能减少蔬菜对硝酸盐的积累，提高氮肥利用率。