玉米加工时往往要经过水洗，使水分增大。新出机的玉米粉温度较高，一般在30～35℃。温度高，水分大，给微生物的生长繁殖创造了条件。玉米粉脂肪含量高，容易氧化变质。故玉米粉是不易贮藏的成品粮，极易发生霉变，酸败变苦，不宜长期贮藏。
玉米粉在贮藏过程中，水分不能超过14％。另外，玉米粉不宜采用大批散存的方法，一般用袋装，码成通风垛，并于5～7天倒垛1次，倒垛的原则与面粉倒垛相同。如果发现有结块成团现象，应及时揉松。条件允许时，最好采用低温贮藏或气调贮藏。
加工玉米粉时最好先去胚再制粉，这样既可提取玉米胚油，增加经济效益，又可提高粉质，有利于贮藏。