棉花苗病主要种类有立枯病、炭疽病和局部区域的猝倒病、红腐病，病株率一般地块1-4%，个别地块达到8-13%。调查中发现有一重茬地块，耕作管理粗放，病株率高。
防治技术措施如下：一是平播棉要加强浅中耕和锄划提高地温，尽量扒开囤积在棉苗根部的土壤，使根部最大限度的提温见光。地膜棉要尽量提前揭膜，晒根、锄划、散湿，控制病害发生与蔓延。二是出苗后放苗时可用甲壳素500倍液，或0.5%氨基寡糖素水剂（0S-克萎灵）400-600倍液喷灌，在促进根系生长、壮苗、活化土壤的同时，预防苗病发生或降低发生程度。三是对发病的棉苗要及时选用50%多菌灵800倍液，或70%甲基硫菌灵或代森锰锌1000倍液等喷雾或喷灌。间隔7天，连用2次。四是麦收前棉花苗蚜开始上升，目测卷叶率达到3%时，要立即选用10%吡虫啉1500倍液，或3%啶虫咪2000倍液，或50%氧化乐果1000倍液等进行防治，控制在蔓延之前。