(1)选用抗病品种，如中国南方稻区的广二104，选271，汕优36，扬稻3号，滇粳40号等。中国北方稻区有京稻选1号，沈农514，丰锦，辽粳10号等发病轻。稻曲病
(2)避免病田留种，深耕翻埋菌核。发病时摘除并销毁病粒。
(3)改进施肥技术，基肥要足，慎用穗肥，采用配方施肥。浅水勤灌，后期见干见湿。用药时机稻曲病以预防为主，最佳时机一是全田1/3以上茎秆最后一片叶子全部抽出，即俗称“大打包”或者“大肚期”时用药（约距出穗时间7—10天左右），此时正是病菌的初侵染高峰期；二是破口始穗期，一般提前3-5天用药。