菌肥因为不同于一般的化学性肥料，所以我们使用时，要格外注意，要不然就达不到相应的肥效。
一是要求土壤墒情适宜。土壤太干或太湿都不利于菌肥肥效的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度为适宜。
二是不能与剂混用。菌是菌肥的主要体现，若与剂混用，剂容易杀肥中的活性菌，降低菌肥的肥效。
三是与化肥混用，要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
四是不同种类的菌肥也不宜混用。目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抑制作用还不是很清楚，若相互抑制，则会降低肥效。