1、选用抗(耐)病品种如国际26等。
2、要成片种植，防止叶蝉在早、晚稻和不同熟性品种上传毒。早稻早收，避免虫源迁入晚稻。收割时要背向晚稻。
3、加强管理，促进稻苗早发，提高抗病能力。
4、推广化学除草，消灭看麦娘等杂草，压低越冬虫源。
5、治虫防病。及时防治在稻田繁殖的第一代若虫，并要抓住黑尾叶蝉迁飞双季晚稻秧田和本田的高峰期，把虫源消灭在传毒之前。可选用25%噻嗪酮可湿性粉剂，每667m225g或35%速虱净乳油100ml、25%速灭威可湿性粉剂100g，对水50L喷洒，隔3-5天1次，连防1-3次。
6、适期“治虱”法，此方法主要应用于在该病流行区，从根本上减轻和控制病毒病的发生。通过将灰飞虱带毒虫及时杀灭在毒源寄主上或刚迁入稻苗传毒之际，来达到预防黑条矮缩病的发生。
7、在该病严重流行区，首先在灰飞虱从越冬寄主向稻田迁移和从早稻向晚稻迁移前，对发生黑条矮缩病大小麦田和看麦娘、罔草等冬闲田，以及早稻大田用药防治1－2次，这里，要强调一个方法，特别是针对空田，冬闲天在喷草甘膦除草的时候，可以加吡虫啉，吡蚜酮之类的治飞虱药一起喷雾以达到目的；另，在稻麦轮作区，最后一次防治赤霉病的时候，可以增喷长效治飞虱药一起喷雾以减少虫源；最后，在水稻秧田时（移栽前几天）喷“送嫁药”吡虫啉，吡蚜酮之类；到本田后10-15天喷最后一次；直播田，在水稻立针后，要做好治飞虱的工作，每隔15天喷治飞虱药。
8、而在减少外迁虫量应在5月中下旬对和单晚秧田进行喷药保护1-2次。其次是在水稻易感黑条矮缩病的关键时期水稻1－5叶期，连续施药消灭2－4次，每次间隔3-5天，消灭迁入秧田的灰飞虱，使秧苗减少感染黑条矮缩病的机率。也可对发病早稻周围的早插晚稻，在灰飞虱成虫迁移高峰时施药保护。对于早期感染的水稻，我们要用及时掰蘖补栽法。
9、此法是在大田已经明显严重发病，对丛病率超过7%的田块，且在杂交水稻移栽后20天以内，通过及时拔除大田病株(丛)，掰健株(丛)蘖的一半移栽在拔除病株留下的空穴里，然后适当加施速效肥，促进稻苗生长。通过杂交稻分蘖势较强的特点，减少产量损失。