由于大棚内湿度大，气温高，故发病广且发病重，因此控制好病害是大棚蔬菜成败的关键。大棚内主要是秋延后果类蔬类的，主发病害种类依栽培品种和管理条件不同而不同，主要是疫病、炭疽病、白粉病、软腐病、霜霉病，随着果菜类蔬菜逐渐收茬，大棚内苗期蔬菜将逐渐增多，则灰霉病、炭疽病、立枯病将发生重。大棚病害防治应从严掌握，特别在苗期、花期采取保守防治，预防为主的策略，每7-10天防治一次，发现病枝、病叶要及时采摘烧毁，如发病重、湿度大，应改为烟剂防治。冬季大棚内虫害，主要是蚜虫，由于其在棚内繁殖快，且造成伤口，传播病毒，发现则及时挑治。暖冬天气，也会加重大棚蔬菜病虫害发生危害，菜农必须高度重视。
