首先是病状的不同。水稻胡麻斑病主要是在水稻叶片上出现黄色和棕色的圆形或不规则斑点，大小不一，有一定的凹陷感，表面还会有一层白色粉末。而稻瘟病则是在水稻叶片上形成水浸性病斑，颜色为灰白色或灰绿色，边缘模糊。叶片病斑逐渐扩大，整个叶片变黄，最终枯死。
其次是病原菌种类的不同。水稻胡麻斑病是由真菌所引起的，主要是水稻叶面上的真菌感染所致。而稻瘟病则是由细菌所引起的，主要是叶表面或者土壤中杂草等植物残体的细菌感染所致。
最后是防治方法的不同。水稻胡麻斑病的防治主要是通过加强水稻田间的管理，如保持田间通风，不要使用过多的氮肥等措施来预防和治疗。而稻瘟病的防治则需要使用化学药剂来控制病害的传播，同时也需要做好土壤管理、杂草清除等方面的措施。