水稻的病害是主要的问题之一。其中，稻瘟病、白叶枯病、稻纵卷叶螟和水稻稻飞虱等病害比较常见。稻瘟病是由真菌引起的，主要危害叶片和穗部，容易引起大面积死亡，严重影响产量。白叶枯病则是由细菌引起的，主要危害叶片和秆部，最终导致叶片凋萎、秆部断裂。稻纵卷叶螟和水稻稻飞虱则是水稻种植中的常见害虫，主要危害叶片，造成叶片卷曲、凋萎等现象。
水稻的虫害也是不容忽视的问题。水稻的主要害虫有螟虫、稻蝗和水稻虫媒病等。其中，稻蝗是水稻田间常见的害虫，它们会大面积地进食水稻幼苗、叶片和穗部，导致水稻产量降低。螟虫则会危害水稻的叶片和穗部，同样引起大量减产。水稻虫媒病则是由介壳虫引起的，它们会攻击水稻的叶片和穗部，导致水稻叶片黄化、穗部畸形等。