水稻小球菌核病的发生与环境因素有一定关系，比如温度和湿度。在高温多湿的气候条件下，小球菌核病容易发生。此外，旱涝交替的环境条件也会加重病害的发生。
土壤中的营养物质也是水稻小球菌核病发生的重要因素之一。缺乏氮、磷、钾等营养元素的土壤容易导致水稻生长不良，从而引起病害发生。因此，科学施肥也是预防小球菌核病的重要措施之一。
此外，水稻品种和栽培管理也对小球菌核病的发生有影响。一些品种对病害的抵抗力较强，而一些品种则较为容易发生病害。同时，合理的栽培管理措施，如及时清除病害源、定期病虫害防治等，也能有效地降低病害的发生率。