机器自身质量问题可能是导致水稻联合收获机脱粒不净的主要原因之一。一些低档次的机器，其脱粒系统质量不高，加工精度较低，导致脱粒不净。此外，机器脱粒齿条磨损过度或脱粒翼的使用寿命到期，也会影响机器脱粒效果，进而导致脱粒不净。
水稻本身的品种和质量问题也可能是机器脱粒不净的原因之一。例如，一些种植体积较大的水稻品种，其外壳较厚，难以被机器脱粒系统完全磨除，从而导致脱粒不净。此外，水稻的湿度、成熟度等因素也会影响机器脱粒效果，如果水稻太湿或未完全成熟，就会导致机器脱粒不净。
机器操作不当也是机器脱粒不净的重要原因之一。在操作水稻联合收获机时，如果操作不当、调整不当或保养不当，都会影响机器脱粒效果，从而导致脱粒不净。因此，在使用机器时，应该遵循正确的操作方法，定期维护和保养机器，以提高机器脱粒效果。