玉米淀粉是由玉米粉碎后经过水洗、筛选和干燥等工艺制成的，呈白色粉末状，具有良好的透明度和稳定性，不易变质。而木薯淀粉则是由木薯根部中提取出来的，因此颜色较白，但其稳定性较差，易吸潮变质。
玉米淀粉的糊化温度较高，约为63℃-72℃，因此需要在高温下加热才能形成糊状物，适用于高温烹饪的食品制作。而木薯淀粉的糊化温度较低，约为58℃-63℃，因此可以在较低温度下形成糊状物，适用于烹饪过程中需要快速增稠的食品制作。
另外，由于木薯淀粉含有较高的淀粉含量和较少的蛋白质、脂肪等营养成分，因此其营养价值较低。而玉米淀粉则相对较为均衡，含有一定量的维生素、矿物质等营养成分。