水稻稻曲病的最佳防治时期是在水稻生长的初、中期。这个时期的稻株生长迅速，对防治剂的吸收能力也较强，因此这个时期对于采取防治措施是非常有效的。此外，在水稻开花前，也是防治水稻稻曲病的黄金时期，因为这个时期的稻株生长势强，叶片厚实，抗病能力也较强。
防治水稻稻曲病的药剂应选择有效、安全、易操作的药剂。常用的防治药剂有：多菌灵、三唑酮、百菌清等。其中，多菌灵和三唑酮具有良好的防治效果，特别是多菌灵对稻曲病的防治效果非常显著，能够有效地控制病害的发生和传播，且对稻株的危害较小。
除了药剂防治外，还应采用综合防治的方法，如加强排灌、合理施肥、维护基本农田等，以提高水稻的抗病能力和免疫力，从而达到长期控制和预防稻曲病的目的。