采用不同的杀菌剂轮换使用是一个有效的方法。轮换使用杀菌剂可以减少病菌对某种特定杀菌剂的抗性，从而提高防治效果。同时，轮换使用不同杀菌剂也可以降低杀菌剂对环境的污染，保护农作物的品质和安全。
科学的杀菌剂使用方法也可以减小交互抗性。在使用杀菌剂时，要遵循正确的使用方法和用量，不要过量使用或乱用，否则会加速病菌对杀菌剂的抗性产生。同时，根据不同的病害和季节，选择合适的杀菌剂和使用时机也是非常重要的。
注重病害预防，加强设施的卫生管理也是减小交互抗性的重要措施。定期对设施进行消毒和清洁，清除病害来源和病菌滋生环境，减少病菌的传播和发生，从源头上减少杀菌剂的使用，也有利于减小交互抗性的产生。