化学药剂是小麦纹枯病防治的首选。常用的药剂有三唑酮、多菌灵等。这些药剂对小麦纹枯菌有很好的杀灭效果，但是也存在着一些问题。一方面，药剂的使用会对环境产生一定的污染，另一方面，过度使用药剂会导致小麦纹枯菌产生抗药性，从而使药剂的防治效果大打折扣。
除了化学药剂，生物农药也是小麦纹枯病防治的一种选择。生物农药不会对环境产生污染，对人体健康也没有害处。目前，市场上常见的生物农药有拮抗细菌制剂、真菌制剂等。这些生物农药能够有效杀灭小麦纹枯菌，而且具有持久性，不易产生抗药性。
除了药剂防治，合理的田间管理也可以起到很好的防治效果。例如，选择适宜的品种、合理施肥、加强田间排水等措施，都可以提高小麦的抗病能力，减少小麦纹枯病的发生。