首先是叶片出现黄化。病害初期，叶片边缘出现黄化，然后逐渐扩展到整个叶片。同时，叶片会逐渐变得脆弱，容易脱落。这是棉花黄萎病最为显著的症状之一。
其次是根系发生变化。棉花黄萎病会导致棉花的根系受到影响，因此在病害出现后，根系会逐渐变得弱小。同时，根部会出现黑褐色的壳质物，这是因为病菌侵入后，根部会分泌出一种物质来防御病菌。
第三是植株生长缓慢。病害引起的黄化和根系变化，会导致棉花植株的生长速度明显减缓。同时，由于叶片的脱落，植株的光合作用能力也会受到影响，这会导致植株生长更加缓慢。
最后是棉铃的产量减少。由于棉花黄萎病对植株的影响，棉花的产量也会明显减少。这对棉农来说是一个非常严重的问题，因为这意味着他们无法获得足够的利润来维持生计。