为保证脱粒机的使用寿命及使用过程中操作人员的安全，脱粒机在使用时一定要按照说明要求来使用。具体的安全使用要则需要做到以下九点：
（1）由于脱粒机工作紧张，环境恶劣，所以对参加脱谷作业的人员要进行安全操作教育，使其懂得操作规程和安全常识，如衣袖要扎紧、应戴口罩和防护眼镜等。
（2）脱粒机使用前必须认真检查转动及摆动部位是否灵活无碰撞；检查调节机构是否正常和安全设施是否齐全有效；确保机内无杂物，各润滑部位要加注润滑油。
（3）脱粒机开机前，应清理作业场地，不得放一些与脱粒无关的杂物；禁止小孩在场地上玩耍，以免发生事故。
（4）工作时喂入要均匀，应直接将小麦推入滚筒，不许用手或杈及其它工具将小麦推入滚筒；严防石块、木棍和其它硬物喂入机内。
（5）传动皮带的接头要牢固；严禁在机器运转时摘挂皮带或将任何物体接触传动部位。
（6）所选用的配套动力与脱粒机之间的传动比要符合要求，以免因脱粒机转速过高，振动剧烈，使零件损坏或紧固件松动。
（7）脱粒机不能连续作业时间过长，一般工作八小时左右，就要停机检查、调整和润滑以防摩擦严重磨损，发热变形。
（8）脱粒机一般都用柴油机作动力，应在排气管戴防炎罩，以防火灾。
（9）脱粒机在作业过程中如出故障应停机维修，调整，决不能凑合对付，以免造成更大的故障。