插秧结束，插秧机长期停放不用时，机器的入库保养对延长插秧机的使用寿命、保持插秧机良好技术状态很重要。
1.将插秧机上的泥水清洗干净；
2.各注油处充分注油；
3.更换插秧机主齿轮箱等处机油，发动机新机油的更换在热机运转结束后进行为好，将其它部位等处油封防锈；
4.将燃油箱、燃油过滤器和汽化器中的燃油全部放干净；
5.为了防止汽缸内壁和气门生锈，卸下火花塞，从火花塞孔中向内加入10CC机油。反复拉动几次反冲式起动器后，将火花塞装上。把反冲式起动器拉到有压缩感的位置停下；
6.将插秧部下降，并对插植部件抹油，以免生锈；
7.为了延长插植臂的压出弹簧的寿命，插植叉应放在最下面位置（压出苗的状态）时保管；
8.主离合器手柄和插植臂离合器手柄为“断开”、液压手柄为“下降”、燃油旋塞为“OFF”状态下保管；
9.卸下电瓶，充电后，干燥处保养；
10.清洗干净插秧机后罩上遮布，应存放在灰尘、潮气少，无直射阳光，干燥通风的场所。防止与肥料等物接触；确认零配件和工具后，与插秧机一起保管。