脱粒机有机动和人力两种，不管是哪种脱粒机，其故障主要有以下几种：
1.脱粒不净：主要是因喂人量不均，谷物水份较多，脱粒间隙大或滚筒转速过低而造成。
2.谷粒破碎：主要是因脱粒间隙过小或滚筒转速过高而造成。若喂入谷物不均或谷物过干过湿也会出现此故障。
3.分离不清；主要是因风量不足或风向不对，脱粒机筛孔损坏或其间隙过大，谷物太湿，不易吹掉杂草茎秆所致。
4.滚筒堵塞：主要是谷物太湿且又喂入量过大，滚筒转速太低，滚筒齿秆破损等造成缠草所致。此外，动力不足或电压过低也会造成滚筒堵塞。
对上述故障，一般常用的排除方法有：
1.试探法：在经验不足的情况下，用试探法调整、拆卸、更换部分零件，观察故障征象的变化情况，以便“对症下药”。如脱粒不净，可调整风量，改变筛孔大小(主要指机动脱粒机)。
2.反证法：当怀疑某部分有问题而不能肯定时，可改变其工作条件和状况，观察故障征象的变化情况。如脱粒滚筒堵塞，若是谷物过湿或喂入是过大，可减少喂入量，再查看故障变化情况，从而确定自己的判断是否正确。
3.换件法；若对某零件有怀疑，可用好的零件更换代替，比较前后征象的变化情况，以确定故障发生的部位。