微灌系统主要包括水源工程、枢纽工程、输水管网、灌水器等四部分。
要想保持工程的正常运行，延长工程和设备的使用寿命，关键是要正确使用及良好的维护和保养，微灌系统的维护和保养是根据它的组成逐步进行的，具体如下：
一、水源工程
1、水源工程建筑物有地下取水、河渠取水、塘库取水等多种形式，保持这些水源工程建筑物的完好，运行可靠，确保设计用水的要求，是水源工程管理工作的首要任务。
2、对泵站、蓄水池等工程经常维修养护，每年非灌溉季节应进行年修，保持工程完好。对蓄水池沉积的泥沙等污物应定期排除洗刷。开敞式蓄水池的静水中藻类易于繁殖，在灌溉季节应定期向池中投放绿矾，可防止藻类滋生。
3、灌溉季节结束后，应排除所有管道中的存水，封堵阀门和井。
二、水泵
1、运行前检查水泵与电机的联轴器是否同心，间隙是否合适，皮带轮是否对正，其他各部件是否正常，转动是否灵活，如有问题及时排除。
2、运行中检查各种仪表的读数是否在正常的范围内，轴承部位的温度是否太高，水泵和水管各部位有没有漏水和进气情况，吸水管应保证不漏气，水泵停车前应先停起动器，后拉电闸。
3、水泵常见故障大体可分为水力和机械两大类，对可能发生的故障、原因和处理方法要非常熟悉，一般这些内容在水泵说明书有详细说明。
4、停车后要擦净水迹，防止生锈；定期拆卸检查，全面检修；在灌溉季节结束或冬季使用水泵时，停车后应打开泵壳下的放水塞把水放净，防止锈坏或冻坏水泵。
三、动力机械
1、电机在启动前应检查绕组对地的绝缘电阻；铭牌所标电压、频率与电源电压是否相符，接线是否正确；电机外壳接地线是否可靠。运行中工作电流不得超过额定电流；温度不能太高。电机应经常除尘，保持干燥清洁；经常运行的电机每月应进行一次检查，每半年进行一次检修。
2、柴油机在启动前应加足机油、柴油和冷却水；严禁注入未经过滤的机油和柴油；经三次操作不能启动，或启动后运转异常，必须排除故障后再行启动。启动后应逐渐增加转速、负荷；严禁在没有空气滤清器，冒黑烟，超负荷情况下运转；停车时应先逐渐卸去负荷、降速、当环境温度低于5℃时，停车后应放掉冷却水。柴油机入库存放时，应放净机油、柴油和冷却水，封堵空气滤清器、排气管口和水箱口，覆盖机体。
四、过滤器
要想得到良好的过滤效果，需经常清洗过滤网，否则滤网两边压力差增大会使颗粒通过滤网进入系统中或冲破滤网，引起系统堵塞。常用的过滤器有网式过滤器和砂石过滤器两种。
1、网式过滤器
对滤网要经常检查，发现损坏应及时修复。灌溉季节结束时，应取出过滤器滤网，刷洗凉干后备用。
2、砂石过滤器
砂石过滤器的反冲洗是砂床水流的反洗过程，反向水流使床砂浮动和翻滚，并冲走拦截的污物。反冲洗时，要注意控制反冲洗水流的速度。要使反冲流流速能够使砂床充分翻动，只能冲掉罐中被过滤的污物，而不会冲掉作为过滤用的介质。灌溉季节结束后，要彻底反冲洗，并用氯处理消毒，以防止微生物生长。
五、灌水器
灌水器堵塞是微灌系统的首要问题，必须加强以预防为主的维修保养。
1、堵塞的预防
在系统的运行管理中，除了前面提到的定期维修清洗过滤器，定期冲洗管理等预防措施外，还应采取如下措施：
①经常检查灌水器工作状况并测定其流量，流量普遍下降是堵塞的第一征兆，应及时处理。
②加强水质检测，定期进行化验分析，发现问题采取相应措施解决。
2、堵塞的处理方法
①加氯处理方法：氯溶于水后有很强的氧化作用，可破坏藻类、真菌等微生物，还可与铁、锰、硫等元素进行化学反应，生成不溶于水的物质，使这些物质从灌溉水中清除掉。对于由微生物引起的堵塞，用加氯处理是很经济有效的方法。
②酸处理法：通常用于防止水中可溶性物质的沉淀，或防止系统中微生物的生长。
对系统进行化学处理时，必须注意到对土壤和作物有一定的破坏和毒害作用，使用不当会造成严重后果，一定要严格按操作规程操作，一定要注意安全，防止污染水源或对人畜造成危害。
以上是对微灌系统的维护和保养，在实际操作过程中，一定注意各步要密切配合，才能收到良好的效果。