如果冷却系中已形成超过1毫米厚的水垢，就必须进行清洗。柴油机作业完毕，趁热放水，将先已配好的清洗液加入冷却系中保持10～12小时，然后起动运转半小时左右，使温度达到70～90℃。放出清洗液，再用清水（最好软化处理过）进行清洗。对采用开式冷却系的柴油机，应先将清洗液放入铁桶内，把冷却系中的水放尽后，再把吸管放到盛清洗液的铁桶内，让清洗液在冷却系中循环，运转7～9／小时后放出，随即用清水清洗。
清洗液的一般配方为：10公斤水加煤油0.15公斤、氢氧化钠0．75公斤，混合均匀后使用。也有的是9公斤水加1．7公斤磷酸、0.5公斤铬酸酐，搅拌均匀后使用。
如柴油机的缸盖是铝合金的或水箱是铝制的。不能用上述清洗液清洗，因为铝很易被上述清洗液腐蚀，可用水玻璃0．15公斤、液态肥皂0.02公斤、水10公斤配成清洗液使用。
清洗前，先将节温器拆下，清洗后再装复。