由于洪水中含有大量的泥沙及腐蚀性物质，柴油机在水中长时间浸泡后，泥沙等杂质会滞留在机内，在摩擦表面会形成磨料，在通孔、通道内会形成阻塞并腐蚀机件，必须全面拆卸，仔细检查，认真清理和必要的检修。
1．用清水将柴油机外表的泥沙杂质冲洗干净，并将机内的废柴油、废机油和冷却水放净。
2．设法用棍棒、绳索等固定住曲轴飞轮，在气缸未清洗前不得使其转动，以防气缸内进入泥沙而拉伤气缸。
3．拆下进气管、排气管、油箱、喷油器、气缸盖罩、气缸盖、油管、柴油和机油滤清器、空气滤清器、油底壳、机油集滤器等零部件，并用清洁柴油洗净，各类纸质滤芯、纸垫应予更换。
4．用毛刷蘸汽油（或柴油）洗净气缸内泥沙，再拆出活塞连杆组进行清洗。
5．缸套、活塞环、气门及气门座圈若有锈蚀，应予除锈或研磨，锈蚀严重时应更换新件。
6．分解喷油泵、喷油器、输油泵，并用清洁柴油清洗；三大精密偶件锈蚀轻微时，可涂机油互研，互研后锈蚀仍不能消除的应予更换。
7．用柴油彻底清洗曲轴箱、机油泵、机油散热器、机油管道、正时齿轮室、曲轴轴颈等，以保证润滑油路畅通。
8．用清水清除水箱散热器、水套、水道孔中的泥沙杂质，并用气筒或压缩空气吹净水道中的杂质。
9．仔细清洗疏通柴油机上通气或贮油的通孔、小孔；认真检查各配合件有无损坏，损坏件应及时更换。
10．擦净零配件表面，并在配合表面涂上清洁机油，按技术要求组装好柴油机，加足柴油、机油和冷却水。
11．柴油机装配好后，应进行启动试运转，检查有无漏油、漏水、漏气现象和异常响声。若有异常，应立即停机检查排除。